Hallaron una nueva variante del Covid-19 en el AMBA

La variante S_E484K fue detectada en cinco testeos realizados en el Área Metropolitana de Buenos Aires por científicos del Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS).

Científicos del Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) informaron que hallaron en el Área Metropolitana de Buenos Aires (AMBA) una mutación del Sars-Cov-2 (Covid-19) llamada S_E484K. Es mediante un estudio ante la aparición de nuevas cepas en Reino Unido, Sudáfrica y Río de Janeiro. En CABA, los estudios se hicieron en el Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez de Recoleta (Gallo 1330, Comuna 2).

Proyecto PAIS es desarrollado por el Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2. Financiado, a través del subsidio FONARSEC IP COVID-19 N° 247, por la Agencia Nacional de la Promoción de la Investigación, el Desarrollo Tecnológico y la Innovación del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la República Argentina.

En PAIS contextualizan: “Durante las últimas semanas tres variantes virales del SARS-CoV-2 han llamado la atención de la comunidad científica y de los gobiernos nacionales: La variante VOC 202012/01 (linaje B.1.1.7), cuya muestra más reciente fue detectada en el Reino Unido el 20/09/2020 (previamente nombrada “VUI 202012/01”, o informalmente como “nueva cepa”, “variante de Londres”, “variante UK”, “20B/501Y.V1 (UK variant)”) (Rambaut y col., 2020). Esta variante ya ha sido reportada al día 3 de enero de 2021 en 23 países incluidos Brasil, Chile, Canadá y Estados Unidos dentro de América. La variante 501Y.V2 (linaje B.1.351), detectada en Sudáfrica desde el 08/10/2020, también conocida como “variante de Sudáfrica”, “variante SA” o “20C/501Y.V2 (South Africa variant)” (Tegally y col., 2020). Esta variante ha sido reportada primero en Sudáfrica, y luego en Suiza, Reino Unido y Finlandia. La variante de Río de Janeiro (derivada del linaje B.1.1.28), detectada Río de Janeiro, Brasil, desde octubre de 2020 (Voloch y col., 2020).

En un documento oficial emitido el 3 de enero y disponible en su sitio oficial, en PAIS señalan: “Desde que comenzó la vigilancia activa de las variantes de interés de SARS-CoV-2 (14/12/20 al 26/12/20), sobre un total de 144 muestras secuenciadas de la CABA, GBA y ciudad de Santa Fe (39 del reporte N°9 y 105 del actual), no se ha detectado aún ninguno de los cambios marcadores de la proteína S de la variante VOC202012/01 (UK), mientras que en cinco muestras se detectó el cambio S_E484K (procedentes de CABA y GBA). Esta mutación está presente tanto en la variante 501Y.V2 (Sudáfrica) -junto a otras dos mutaciones marcadoras en Spike- y en la variante de Río de Janeiro -como única mutación marcadora en Spike-. Consideramos que el aumento de positividad de casos que se está dando en diferentes regiones del país requiere continuar vigilando activamente estas variantes y otras que pudieran surgir”.

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“Asimismo, el mantenimiento de las medidas de distanciamiento social, el uso de tapabocas, la ventilación correcta de los ambientes, y el lavado de manos frecuente, debe cumplirse, independientemente de qué variante este circulando en la población, tomando en cuenta que estas medidas disminuirán la circulación viral, evitarán infecciones y muertes y, a nivel molecular, disminuirán la posibilidad de emergencia de nuevas variantes. El Consorcio Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2 continuará realizando la vigilancia molecular en tiempo real sobre los casos de circulación comunitaria con la estrategia planteada, a la par que seguirá caracterizando los genomas de SARS-CoV-2 que circulan en diferentes regiones del país a fin de determinar si estas variantes ingresaron antes de las medidas restrictivas tomadas en las últimas semanas del 2020, o si han emergido nuevas variantes virales locales”.

Sobre el proceso para llegar a estos datos, informan: “Para determinar la posible circulación de estas variantes en nuestro país (Reino Unido, Sudáfrica, Río), se requiere una vigilancia activa de las variantes genéticas del SARS-CoV-2, ya sea a través de la secuenciación del genoma completo, o mediante el análisis de secuencias parciales que incluyan marcadores genéticos de interés. Por lo tanto, el Consorcio Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2, a través los Nodos de Secuenciación del IDICaL del INTA-CONICET de Rafaela (Provincia de Santa Fe) y del Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez (CABA), realizó la secuenciación de 24 genomas completos de SARS-CoV-2 procedentes de virus detectados en la ciudad de Santa Fe (entre el 10 y el 22 de diciembre del 2020) y de 81 secuencias parciales de la región que codifica para la proteína S del SARS-CoV-2 procedentes de virus detectados en la CABA y Gran Buenos Aires (GBA) (entre el 14 y el 26 de diciembre del 2020)”.

“Todas las muestras correspondieron a casos de circulación comunitaria y una descripción detallada de las mismas puede encontrarse en materiales y métodos. La relevancia del monitoreo de las mutaciones en regiones específicas del gen S radica en que el dominio de unión al receptor (RBD) es el principal blanco de los anticuerpos neutralizantes que aparecen durante la infección por SARS-CoV-2 En ninguna de las 105 secuencias de SARS-CoV-2 (totales o parciales) se observó la mutación S_N501Y característica de las variantes VOC202012/01 de UK o 501Y.V2 de Sudáfrica. Tampoco se encontraron otros cambios propios de la variante VOC202012/01 en el gen S. Sin embargo, sí se observó la presencia de la mutación S_E484K en una de las 105 secuencias (muestra proveniente del GBA)”.

“La misma es una de las tres mutaciones marcadoras de la variante de Sudáfrica, y también se encuentra como única mutación del gen S en la variante de Río de Janeiro. Aunque el hallazgo es interesante, se requiere secuenciar el genoma completo del SARS-CoV-2 para determinar si el virus encontrado en GBA comparte un origen común con la variante de Río de Janeiro. El residuo 484 de la proteína S se encuentra localizado en el motivo de unión al receptor (RBM) e interacciona directamente con el receptor humano hACE2 (Lan y col., 2020). La mutación S_E484K está presente en la variante 501Y.V2 (Sudáfrica) y en la de Río de Janeiro, pero es poco común a nivel mundial y mostró indicios de relacionarse con adaptación al hospedador (Tegally y col, 2020). Esta mutación también se asoció con resistencia a la neutralización por anticuerpos monoclonales neutralizantes y sueros policlonales de convalecientes”.